Die Bundesländer sind jeweils vertreten durch die für die Wasserwirtschaft zuständigen obersten Landesbehörden.

ARGE Rhein

Die ARGE Rhein ist das Gremium, indem die Bundesländer Baden-Württemberg, Bayern, Hessen, Nordrhein-Westfalen, Rheinland-Pfalz, das Saarland und als Gäste Thüringen, Niedersachsen (besitzen kleine Flächenanteile am Rhein) und das Bundesminsisterium für Umwelt, Naturschutz und Reaktorsicherheit zusammenwirken, um die gemeinsamen Länderinteressen in den Gewässerschutzfragen am Rhein abzustimmen.

DK Rhein

Die Aufgabe der Deutschen Kommission ist es, die internationalen Probleme der Reinhaltung des Rheins zu behandeln und eine gemeinsame deutsche Position von Bund und Ländern für die Verhandlungen in der internationalen Rheinschutzkommission (IKSR) herbeizuführen. Durch die vielfältige Themenüberschneidung zwischen dem IKSR-Programm und der Wasserrahmenrichtlinie der EU werden die Sitzungen von ARGE Rhein und DK Rhein gemeinsam abgehalten.

Nationale Gremien der Deutschen Kommission zur Reinhaltung des Rheins

- Arbeitsgruppe Hochwasser der DK (AG H - DK)

Auf Grund der außerordentlichen Bedeutung des Themas besteht innerhalb der Deutschen Kommission eine separate Arbeitsgruppe, die sich auf nationaler Ebene mit Hochwasserschutzfragen beschäftigt.

- Gemeinsame Besprechungsgruppe "Gütemessprogramm Rhein" der Arbeitsgemeinschaft Rheinwasserwerke e.V. und der DK (BG ARW - DK)

Der Rhein liefert Trinkwasser für 20 Mio. Einwohner. Auch in Deutschland spielt die Gewinnung von Trinkwasser aus Uferfiltrat und ufernahem Grundwasser des Rheins eine große Rolle. Die gemeinsame Besprechungsgruppe dient dem gegenseitigen Austausch und der Information über Überwachungsprogramme, Fragen der Qualitätssicherung und Gefahrenabwehr in Bezug auf die Trinkwassergewinnung.